Počátek osídlení je spjat s hradištěm na Práchni. Nejstarší zprávy (z roku 1251), týkající se Horažďovic, hovoří o osadě Gorazdějovice, založené knězem Gorazdem, žákem a nástupcem sv. Metoděje. V roce 1292 byla osada povýšena na město králem Václavem II. Město získalo městská práva, zejména právo hradební, v krátké době bylo město opevněno a postavena tvrz. Město bylo vyňato ze soudu královského a stalo se městem poddanským v držení rodu Bavorů ze Strakonic. V roce 1307 nesouhlasil Bavor III. s volbou nového krále Rudolfa Habsburského. Nový král město obléhal, ale při obléhání 3. července 1307 zemřel na úplavici. Obléhání bylo přesto úspěšné, protože smrt krále byla během něj utajena.