Vstupní portál jeskyně byl znám odnepaměti a je významnou paleontologickou a archeologickou lokalitou. Systém chodeb s bohatou, mnohotvárnou a barevnou krápníkovou výzdobou byl objevován postupně v letech 1923 až 1948. Tvoří labyrint chodeb, dómů a propastí ve třech výškových úrovních. Jeskyně Balcarka patří svým vývojem ke složitému systému ostrovských a vilémovických vod, které dnes vyvěrají poblíž Punkevních jeskyní.